一、調(diào)解不成可直接起訴
2003年3月1日施行的《農(nóng)村土地承包法》第五十一條規(guī)定：“因土地承包經(jīng)營發(fā)生糾紛的，雙方當事人可以協(xié)商解決，也可以請求村民委員會、鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府等調(diào)解解決。當事人不愿協(xié)商、調(diào)解或者協(xié)商、調(diào)解不成的，可以向農(nóng)村土地承包仲裁機構(gòu)申請仲裁，也可以直接向人民法院起訴。”第五十二條規(guī)定：“當事人對農(nóng)村土地承包仲裁機構(gòu)的仲裁裁決不服的，可以在收到裁決書之日起三十日內(nèi)向人民法院起訴。逾期不起訴的，裁決書即發(fā)生法律效力。”
從以上兩條規(guī)定看，土地承包法對因土地承包經(jīng)營發(fā)生的糾紛沒有設(shè)定行政處理程序，該法規(guī)定的協(xié)商、調(diào)解、仲裁、起訴的程序，其中“起訴”是指民事訴訟，排除了行政訴訟的可能。
二、未得承包權(quán)可行政訴訟
雖然農(nóng)村土地承包法對土地承包經(jīng)營糾紛沒有設(shè)定行政處理程序，但2005年7月《最高人民法院關(guān)于審理涉及農(nóng)村土地承包糾紛案件適用法律問題的解釋》(下稱“解釋”)第一條第二款規(guī)定：“集體經(jīng)濟組織成員因未實際取得土地承包經(jīng)營權(quán)提起民事訴訟的，人民法院應(yīng)當告知其向有關(guān)行政主管部門申請解決。”該規(guī)定為特殊情況下涉及農(nóng)村土地承包糾紛設(shè)置了一個行政處理程序。據(jù)不完全了解，就目前情況而言，該規(guī)定的情形是因農(nóng)村土地承包發(fā)生爭議比較多的一種。依此規(guī)定，集體經(jīng)濟組織成員因未實際取得土地承包經(jīng)營權(quán)而申請有關(guān)行政主管部門解決，有關(guān)行政主管部門未予解決或?qū)鉀Q結(jié)果不服向法院起訴的，法院就應(yīng)當作為行政案件受理和審理。
農(nóng)村土地承包法第二十三條規(guī)定：“縣級以上人民政府應(yīng)當向承包方頒發(fā)土地承包經(jīng)營權(quán)證或者林權(quán)證等證書，并登記造冊，確認土地承包經(jīng)營權(quán)。”為落實該條規(guī)定，農(nóng)業(yè)部于2003年11月頒布了《農(nóng)村土地承包經(jīng)營權(quán)證管理辦法》，對土地承包經(jīng)營權(quán)證的申請、初審、審核、登記、發(fā)放等程序和權(quán)限都作了明確具體的規(guī)定，因此，土地承包當事人對相關(guān)地方人民政府關(guān)于土地承包經(jīng)營權(quán)證的審查、登記、發(fā)放、收回、注銷等行政行為有異議向法院起訴的，法院應(yīng)按行政案件受理和審理。
農(nóng)村土地承包法實施以后，行政機關(guān)仍運用行政職權(quán)裁決處理土地承包經(jīng)營糾紛而當事人向法院提起行政訴訟的，法院應(yīng)以行政機關(guān)超越職權(quán)為由判決撤銷其所作出的行政行為;當事人因土地承包經(jīng)營糾紛申請行政機關(guān)裁決，行政機關(guān)不予受理或者未作出行政裁決的(最高人民法院司法解釋規(guī)定的情形除外)，當事人向法院起訴行政機關(guān)不作為的，法院應(yīng)以當事人的訴訟請求不成立為由判決駁回其訴訟請求。
三、土地承包糾紛和土地權(quán)屬爭議的區(qū)別
農(nóng)村土地承包糾紛是指土地承包方與發(fā)包方之間在履行承包合同、承包經(jīng)營權(quán)流轉(zhuǎn)或繼承以及侵犯承包經(jīng)營權(quán)等方面發(fā)生的民事糾紛。農(nóng)村土地承包法施行之后，處理土地承包經(jīng)營糾紛已有了一套獨立的法定程序，土地承包經(jīng)營法律關(guān)系已成為脫離其它土地法律關(guān)系的一種新的民事法律關(guān)系。土地權(quán)屬爭議是指單位與單位之間、個人與個人之間或者單位與個人之間，因土地所有權(quán)或者使用權(quán)的歸屬不清，各自都沒有合法有效的權(quán)屬證照憑證，而又主張權(quán)屬所引發(fā)的爭議。依據(jù)我國土地管理法的規(guī)定，土地權(quán)屬爭議的處理程序是：首先由當事人協(xié)商解決;協(xié)商不成的，申請人民政府處理;對人民政府的處理決定不服的，可依法向法院提起行政訴訟。
從土地承包法和土地管理法的相關(guān)規(guī)定看，土地承包糾紛和土地權(quán)屬爭議的主要區(qū)別在于：
1、是土地承包糾紛絕大多數(shù)為民事糾紛，體現(xiàn)的是民事法律關(guān)系特征，而土地權(quán)屬爭議大部分屬于行政爭議，更多地表現(xiàn)為行政法律關(guān)系;
2、是處理和審理土地承包糾紛案件要依照農(nóng)村土地承包法規(guī)定的程序和民事訴訟法規(guī)定的程序進行，而處理和審理土地權(quán)屬爭議案件，則應(yīng)依照土地管理法和行政訴訟法規(guī)定的程序進行;
3、是農(nóng)村土地承包法對處理土地承包糾紛沒有規(guī)定行政處理程序，而土地管理法對處理土地權(quán)屬爭議則明確設(shè)置了行政處理程序;